Członkiem Samorządu jest każda osoba mająca status Doktoranta Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie.
Samorząd działa poprzez swoje organy, którymi są:
1) Rada Doktorantów - organ uchwałodawczy,
2) Zarząd Samorządu Doktorantów - organ wykonawczy,
3) Komisja Rewizyjna - organ kontrolny,
4) Wydziałowe Rady Doktorantów,
5) Komisje Zadaniowe.
Samorząd Doktorantów Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie przynależy do PDUK (Porozumienia Doktorantów Uczelni Krakowskich) oraz PDNHiS (Porozumienia Doktorantów Nauk Humanistycznych i Społecznych).
