Uniwersytet Ekonomiczny w Krakowie prowadzi studia III stopnia (doktoranckie) w trybach stacjonarnym oraz niestacjonarnym. Studia są prowadzone na czterech Wydziałach, tj. Ekonomii i Stosunków Międzynarodowych, Finansów i Prawa, Towaroznawstwa oraz Zarządzania. Studia doktoranckie są studiami 4-letnimi (8 semestrów). Zajęcia w trybie stacjonarnym odbywają się w godzinach popołudniowych.
Na Wydziale Ekonomii i Stosunków Międzynarodowych zostały utworzone dwa moduły: Ekonomia i zarządzanie oraz Gospodarka i administracja publiczna. Zajęcia na tych modułach prowadzone są od drugiego roku studiów. Oba moduły mają osobne plany studiów. Na Wydziale Zarządzania został utworzony kierunek Metody matematyczno-statystyczno w analizach gospodarczych. Zajęcia na tym kierunku prowadzone są od pierwszego roku studiów i trwają 3 lata.
Kierownikami studiów na poszczególnych Wydziałach są:
- Wydział Ekonomii i Stosunków Międzynarodowych - prof. dr hab. Adam Nalepka
- Wydział Finansów i Prawa - prof. dr hab. Józefa Famielec
- Wydział Towaroznawstwa - prof. dr hab. Władysław Kędzior
- Wydział Zarządzania - prof. dr hab. Renata Oczkowska
- Wydział Zarządzania (kierunek: Metody matematyczno-statystyczne w analizach gospodarczych) - prof. dr hab. Jacek Osiewalski
