Uniwersytet Ekonomiczny w Krakowie zapewnia swoim pracownikom różne możliwości realizowania rozwoju naukowego. Na wszystkich wydziałach uczelni można wszcząć przewód doktorski oraz przeprowadzić postępowanie habilitacyjne. Wszczęcie przewodu doktorskiego pozwala ubiegać się o stypendium doktorskie. Ponadto, w celu zintensyfikowania prac nad dysertacją doktorską, po spełnieniu określonych warunków, uczelnia może udzielić urlopu naukowego. Pracownicy UEK, którzy publikują artykuły naukowe w prestiżowych, renomowanych czasopismach lub wydają monografie naukowe, corocznie mogą starać się o przyznanie Nagrody Rektora. Dodatkowo osoby, które posiadają osiągnięcia naukowe o światowym znaczeniu prowadzące do nadania tytułu naukowego profesora, mogą ubiegać się o przyznanie Nagrody Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego.