Proces naukowo-dydaktyczny realizowany jest nie tylko na Wydziałach, lecz także w innych jednostki wchodzące w skład struktury organizacyjnej Uczelni. Do takich jednostek, zakwalifikowanych jako międzywydziałowe, należą Studium Języków Obcych i Studium Wychowania Fizycznego. Studium Języków Obcych powołane jest w celu prowadzenia zajęć dydaktycznych z języków obcych, zgodnie z obowiązującymi w Uczelni programami nauczania i planami studiów na poszczególnych kierunkach. Poza tymi zadaniami realizować może zadania związane z prowadzeniem kursów językowych. Studium Wychowania Fizycznego i Sportu ma za zadanie prowadzenie zajęć dydaktycznych z zakresu wychowania fizycznego oraz rozwijania różnych form kultury fizycznej wśród studentów i pracowników Uczelni.
Do pozawydziałowych jednostek organizacyjnych Uczelni należą m.in.: Krakowska Szkoła Biznesu UEK i Małopolska Szkoła Administracji Publicznej. Zostały one powołane głównie do prowadzenia studiów podyplomowych, a także kursów dokształcających, szkoleń i innych form kształcenia z uwzględnieniem zasady samofinansowania. Do grupy jednostek pozawydziałowych należą też: Ośrodek Badań Europejskich im. Józefa Retingera powołany w celu prowadzenia badań nad procesem integracji europejskiej oraz rozpowszechniania wiedzy w tym zakresie.
Trzonem systemu biblioteczno-informacyjnego Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie jest Biblioteka Główna. Pełni ona funkcję ogólnouczelnianej jednostki organizacyjnej działalności podstawowej o zadaniach usługowych, dydaktycznych i naukowych. Ma charakter publicznej biblioteki naukowej i stanowi ogniwo w ogólnokrajowej sieci bibliotecznej i informacyjnej.
